Уже в течение года сайт exsupirit.ru находился под баном яндекса. Я писал и в техническую поддержку и seo-оптимизировал и структуру менял - ничего не помогало. Однако на ум пришел один метод, который оказался эффективным.
Суть такова: блокируем от яндекса весь сайт в robots.txt. User-agent: Yandex Disallow: /
Удаляем оставшиеся страницы из индекса http://webmaster.yandex.ru/delurl.xml. Ждем 2-3 недели, все зависит от количества апдейтов. За это время Яндекс почистить все свои базы (видимо нет необходимости хранить то, что и так недоступно). Затем убираем блокировку, и ждем когда робот зайдет, чтобы проиндексировать свежий сайт. Пишите в комментариях кому так же удалось. Метод не проверенный, возможно даже совпадение, но тем не менее.